Opstandige gewesten
Op 1 april 1572 kwamen de ontwikkelingen in een stroomversnelling nadat een aantal geuzen die dag bij toeval de Zuid-Hollandse stad Den Briel had ingenomen. Nog in diezelfde maand schaarden in Holland en Zeeland tal van steden zich achter de nu heel openlijke opstand. Al in de zomer van dat jaar kwamen de altijd al machtige Staten van Holland en Zeeland op eigen initiatief in Dordrecht bijeen – een opstandig gebaar van de eerste orde. De vergadering benoemde Oranje opnieuw tot stadhouder, een functie waaruit hij enkele jaren eerder door Filips II was ontslagen. Ook dit besluit maakte onomwonden duidelijk hoe de zaak ervoor stond.
In Holland, Zeeland en Friesland schaarden de meeste stadsbesturen en edelen zich uit eigen beweging achter deze opstand. In het oosten en het zuiden was die aandrang veel geringer en was de elite veel verdeelder. Het onmiddellijk in 1572 door Alva ingezette tegenoffensief verliep daar dan ook heel wat vlotter dan in Holland en Zeeland. Nadat Spaanse soldaten eerst Mechelen en Zutphen hadden geplunderd en een groot deel van de bevolking uitgemoord, zetten de Gelderse, Brabantse en Vlaamse steden die vervolgens werden belegerd liever hun poorten meteen open dan eenzelfde lot te ondergaan. Ook in de Hollandse stad Naarden hadden Spaanse soldaten flink huisgehouden, maar dat was in Holland geen teken geweest om de moed op te geven. Hier kwam het tot langdurige belegeringen van Haarlem, Leiden en Alkmaar. Het vlakke en onder water te zetten terrein en de vele steden die veroverd moest worden, bleken voor de Spaanse troepen een probleem te vormen. Op de Zeeuwse wateren werden in die jaren verscheidene felle gevechten gestreden. Ook daar wisten de soldaten van Filips II hun tegenstanders niet te verslaan.
Het waren wel Spaanse soldaten die in het strijdperk traden, maar de strijd richtte zich niet tegen Spanje of de Spaanse koning: de strijd ging vooral tussen degenen die het landsheerlijk gezag en de overheersende rol van de katholieke kerk verdedigden en zij die een calvinistische kerk wilden vestigen en de gewestelijke en lokale belangen vooropstelden. Daartussen bevond zich nog steeds een grote middengroep die niets van radicalisme wilde weten. Die groep was noch uitgesproken protestants noch doorgewinterd katholiek en had weinig behoefte de staatsstructuur grondig te veranderen. De meerderheid wenste verzoening en een compromis.
Eind 1576 bracht dit verlangen de Nederlandse gewesten voor het eerst bij elkaar. Op 8 november werd de zogeheten ‘Pacificatie van Gent’ gesloten waaraan vrijwel alle Nederlandse gewesten, zowel de opstandige als de koningsgezinde, zich verbonden. Ze sloten onderling vrede en spraken af het vertrek van de Spaanse soldaten te bevorderen. De godsdienstkwestie zou worden besproken zodra zij als Nederlanders onderling de zaak konden afhandelen. Wel werd vastgelegd dat het inmiddels in Holland en Zeeland gevestigde calvinisme niet buiten die gewesten mocht worden ingevoerd, waarmee de katholieken tegelijkertijd aanvaardden dat die tegenkerk zich daar wel verder kon ontwikkelen. Al keerden de gewesten zich uitdrukkelijk niet tegen landsheer Filips II, in de praktijk richtte de samenwerking zich wel degelijk tegen diens onverzoenlijke en confronterende politiek.
Even leek in deze jaren de mogelijkheid aanwezig dat het ideaal van Willem van Oranje kon worden verwezenlijkt: een vereniging van de Nederlandse gewesten met respect voor de bestaande, per gewest verschillende rechten en tradities en met erkenning van een vrijheid van godsdienst. Maar al snel bleek de werkelijkheid anders te zijn. Filips II wenste zijn beleid niet op te geven en na enige tijd barstte de strijd weer los. De gematigde partij begon haar invloed kwijt te raken. In sommige Vlaamse en Brabantse steden wisten de calvinisten de overhand te krijgen. Doordat zij hier al die tijd onderdrukt en vervolgd waren, had hun houding veel scherpere trekken gekregen dan in het noorden. Maar ook daar brak het calvinisme verder door. In februari 1578 waren de bestuurders van het nog steeds katholieke Amsterdam uit hun stad verjaagd, en hetzelfde gebeurde in januari 1579 onder meer in de Gelderse Zuiderzeestadjes Harderwijk en Elburg. Sindsdien was het hier niet langer mogelijk naar demis te gaan, al ging dit in tegen de in de Pacificatie van Gent afgesproken status quo. Daar waar de calvinisten de overhand kregen, toonden zij zich meestal weinig tolerant. Willem van Oranje zag zich hierom in januari 1577 genoodzaakt zelf voor de doopsgezinde inwoners van Middelburg in de bres te springen nadat het kersverse calvinistische stadsbestuur besloten had hun voortaan te verbieden een eigen bedrijf uit te oefenen.
De tegenstellingen verscherpten zich opnieuw. Uiteindelijk sloten diverse zuidelijke gewesten begin januari 1579 de zogeheten ‘Unie van Atrecht’, waarmee zij zich weer geheel in het kamp van Filips schaarden. Ruim twee weken later, op 23 januari, sloten Holland, Zeeland, Utrecht, de Groninger Ommelanden, Gelderland en de stad Gent in Utrecht een eigen verbond, de Unie van Utrecht. Dit verdrag was in de eerste plaats bedoeld om de militaire samenwerking te bevorderen, maar er werden ook allerlei zaken van niet-militaire aard afgesproken. Zo besloten de ondertekenaars zich voor eeuwig te verenigen ‘alsof ze één provincie waren’. Het verbond richtte zich met zoveel woorden tegen pogingen het katholicisme te herstellen. Weliswaar werd in enigszins verhulde zin gesproken over vrijheid van geweten, maar daarmee werd niet vrijheid van godsdienst bedoeld. Willem van Oranje had grote moeite zijn handtekening onder dit verdrag te zetten.
In een klein aantal jaren leidde het verzet tegen het centralisme van de landsregering en de onderdrukking van het calvinisme zo tot een militair verbond van een belangrijk deel van de Nederlandse gewesten, tot de feitelijke en soms ook formele vestiging van het calvinisme aldaar en tot een scheuring van de Nederlanden. Pogingen van Willem van Oranje en andere gematigde politici om de eenheid te behouden en een maatschappij te creëren waarin verschillende geloofsovertuigingen juist naast elkaar konden bestaan, leken tussen 1576 en 1578 even haalbaar te zijn, maar bleken een utopie.
Ook in de daaropvolgende jaren bleven de gebeurtenissen moeilijk voorspelbaar en volgden ze elkaar in snel tempo op. In de zomer van 1580 deed Filips II zijn tegenstander Willem van Oranje in de ban, hetgeen een vrijbrief inhield om hem te vermoorden. In het verweerschrift dat Oranje hiertegen schreef, de Apologie, werd Filips zwartgemaakt en aangewezen als de schuldige voor de situatie in de Nederlanden. Lang hadden de opstandelingen geprobeerd de koning buiten schot te houden, maar dat was nu afgelopen. Uiteindelijk namen de opstandige gewesten op 26 juli 1581 in het Plakkaat van Verlatinge het besluit Filips II niet langer als hun vorst te erkennen. In het Plakkaat van Verlatinge lichtten de Staten-Generaal uitvoerig toe waarom zij tot deze stap waren gekomen. Want al hadden de vertegenwo ordigers van Holland, Zeeland, Gelderland, Utrecht, Friesland, Overijssel, de Groninger Ommelanden, Mechelen, Vlaanderen en Brabant hun besluit weloverwogen genomen, het bleef opmerkelijk om de heerser van het machtigste land van Europa openlijk aan de kant te zetten. Daarmee was een politiek systeem, dat bijna overal onaantastbaar leek, afgewezen. In vrijwel elk land gold de macht van een koning immers als van God afkomstig. Maar de Staten-Generaal wezen er in het plakkaat op dat een vorst er voor zijn volk is en een volk niet voor zijn vorst, zoals een herder er voor zijn schapen is en de schapen niet voor de herder.