Onrust in de kerken
Omstreeks 1520 was de katholieke kerk in de Nederlanden in een crisis terechtgekomen. Vooral in de steden nam bij veel bewoners de binding met de kerk zienderogen af. Bedevaartsoorden zagen de bezoekersaantallen schrikbarend dalen, kloosters kregen moeite nieuwe bewoners te vinden en ontvingen, net als kerken, steeds minder geld. Tegelijkertijd namde openlijk geuite kritiek op de kerk toe. Op zichzelf was dit niets nieuws: al meteen toen de kerk in de westerse wereld een machtsfactor was geworden, waren dit soort stemmen te horen geweest. Oprechte gelovigen hadden altijd al moeite gehad met pausen, bisschoppen en andere geestelijken die hun ambt vooral zagen als een bron van rijkdom en als een positie om wereldlijke macht te krijgen, evenals met priesters die een loopje namen met het celibaat en een vrouw hadden of die met hun macht om gelovigen bij te staan een handeltje dreven. De beweging die Franciscus van Assisi kort na 1200 in Italië had gesticht, was gericht op een zo zuiver en eenvoudig mogelijk leven en had zich gekeerd tegen de wijze waarop de katholieke kerk haar rol in de samenleving speelde. In de Nederlanden had Geert Groote, een geestelijke uit Deventer, omstreeks 1375 uit zorg over de toestand in de kerk leken opgeroepen een eerzaam en kuis leven te leiden. De volgelingen van deze beweging, die veelbetekenend bekend werd als ‘Moderne Devotie’, verwierpen alle uiterlijk vertoon en legden de nadruk op eenvoud en meditatie. Er werden vanuit deze beweging talrijke scholen opgericht waar men zich zelfstandig in het geloof leerde verdiepen. Hier hielp ook het bekendste boek dat uit de Moderne Devotie voortkwam bij, De imitatione Christi (Over de navolging van Christus) van Thomas a Kempis, een kloosterling uit de buurt van Zwolle.
De protesten aan het begin van de zestiende eeuw werden gekoppeld aan een pleidooi de nog zuivere kerk uit de eerste eeuwen van het christendomte herstellen. In intellectuele kring werden velen tegelijkertijd aangesproken door het humanisme, een beweging waarin veel waarde werd gehecht aan een zelfstandig oordeel enwaar dogma’s, de basis van het kerkelijke leven, minder belangrijk werden gevonden. De belangrijkste vertegenwoordiger van deze stroming uit de Nederlanden, Erasmus van Rotterdam, hield zich op wetenschappelijke basis bezig met de bijbel en de kerkgeschiedenis. Hij publiceerde in 1516 een Latijnse vertaling van het Nieuwe Testament die afweek van de officiële, door de kerk aanvaarde tekst. Anderen bleken juist in de volkstaal direct van de bijbel – Gods woord – kennis te willen nemen, terwijl het lezen daarvan in het Latijn het privilege van de geestelijken was. In 1526 verscheen hiertoe de eerste in het Nederlands vertaalde bijbeluitgave, die dankzij de kort daarvoor uitgevonden boekdrukkunst in alle gewesten verspreid kon worden.
Voor veel protesten tegen de kerk bestonden interesse en sympathie, maar dit betekende niet dat mensen de kerk wilden verlaten of de nieuwe ideeën openlijk ondersteunden. Een grote meerderheid van de bevolking nam hiertegenover een nogal gematigde, afstandelijke of zelfs onverschillige houding aan. Er was trouwensmoed voor nodig je van de katholieke kerk af te wenden. Anders dan in sommige Duitse vorstendommen wenste Karel v zich geen duimbreed te verwijderen van de katholieke kerk. Hij gaf bevel in de Nederlanden de ideeën van de invloedrijke Duitse monnik Martin Luther, die in 1517 openlijk afstand had genomen van de leer van de kerk, en van andere hervormers te verbieden en hun aanhangers stelselmatig te vervolgen. Het bezit van bijbels en andere godsdienstige werken werd verboden. Vooral in de zuidelijke gewesten Vlaanderen en Brabant kwamen volgelingen van Luther op de brandstapel terecht. Vaak waren dit net als hij augustijner monniken, zoals de eerste slachtoffers die in juli 1523 op de Grote Markt van Brussel in het openbaar werden verbrand: twee monniken uit Den Bosch, Hendrik Vos en Jan van Esschen.
Degenen die zich toch verwijderden van de katholieke kerk, moesten wel radicaal zijn. In de jaren 1530 verliet een aantal gelovigen voor het eerst daadwerkelijk de kerkmet als doel een eigen kerkgemeenschap op te richten. Zij verzetten zich tegen het dopen van kinderen en tegen de andere zes katholieke sacramenten en vonden dat iemand alleen als volwassene, uit eigen wil, voor een geloof kon kiezen. Daarom werden zij wederdopers genoemd. Hun fanatisme was groot. In 1534 was het een kleine groep zelfs gelukt de Westfaalse bisschopsstad Munster in bezit te nemen. Vanuit Munster werd geprobeerd onrust te zaaien in de Nederlanden. In mei 1535 kwam het onder meer in Amsterdam tot rellen, waarbij wederdopers naakt door de stad liepen, onderwijl het einde der tijden verkondigend. Ze werden opgepakt en ter dood gebracht. Overal reageerde de overheidmet harde hand, ook tegen individuele wederdopers, en geregeld kwam het tot executies. Zo werd in Rotterdam op 23 januari 1539 buiten de Delftse Poort de Brielse Anneke Esaias door verdrinking om het leven gebracht. In de jaren daarop veranderden de dopers van karakter: onder leiding van hun Friese aanvoerder Menno Simons kozen ze toen juist voor een principieel geweldloze houding en een zo onopvallend mogelijk bestaan.
Rond 1550 was de rust in de Nederlanden grotendeels hersteld; ideeën die niet strookten met het rooms-katholieke geloof bleven binnenskamers en onder de oppervlakte verborgen. Toch kon in Vlaanderen en Brabant een nieuwe radicale protestantse sekte wortel schieten: het calvinisme, dat vanuit Frankrijk was geïmporteerd. Door hun consequente afwijzing van katholieke, ‘paapse’, gebruiken en hun sterke organisatie wisten de aanhangers van de Franse hervormer Calvijn gaandeweg zowel de clandestiene protestantse groepen binnenslands, de zogenaamde ‘kerken onder het kruis’, als de vluchtelin gen gem een schappen in steden als Londen en Emden te beheersen.
De landelijke overheid probeerde de herwonnen rust te benutten om de greep van de katholieke kerk op de Nederlandse samenleving te verstevigen. Tot dan toe was in de noordelijke gewesten alleen in Utrecht een bisschop gevestigd, die bijna het hele noorden onder zijn geestelijke gezag had. De gewesten ten zuiden van de grote rivieren hoorden bij een van de vier Franstalige bisdommen, waarvan Luik het grootste was. In 1559 werd binnen de grenzen van de Nederlandse gewesten een aantal nieuwe bisdommen opgericht. Het oude bisdom Utrecht alleen al werd in zes nieuwe bisdommen verdeeld. Hierboven kwamen drie aartsbisdommen: Utrecht in het noorden en Mechelen en Kamerijk (Cambrai) in het zuiden. Het instellen hiervan bevestigde niet alleen de staatkundige eenheid van de Nederlanden, maar was ook een hernieuwde poging van staat en kerk gezamenlijk om de Nederlanden voor het katholicisme te behouden.
Het effect was evenwel te verwaarlozen en de invoering wekte veel verzet. Mede daardoor kon de bisschop van Deventer bijvoorbeeld pas in oktober 1570 officieel in zijn ambt worden ingewijd. Net als op bestuurlijk gebied betekende deze poging tot professionalisering van de kerk dat traditionele privileges werden geschonden. Bovendien vreesden velen een katholieke radicalisering en een grotere orthodoxie, en daar voelde de grote meerderheid van de bevolking net zo min voor als voor een radicale vorm van protestantisme.