La défaite de Psammétique III marque la fin d'une politique et consomme l'isolement de l'Egypte. Les alliés grecs font défection au moment de l'affrontement : Phanes d'Halicarnasse passe à l'ennemi à Gaza. Polycrate de Samos, lui, avait déjà trahi Pharaon. Les opposants traditionnels que sont les Bédouins, « coureurs des sables », servent de guides aux troupes perses pour traverser le Sinaï. Mais, au-delà des appuis militaires, Cambyse II est bien accueilli par des minorités comme celle de la communauté juive d'Éléphantine ainsi que par certains membres de l'aristocratie égyptienne. Il est même fortement probable que le sac de villes d'Égypte et en particulier de Thèbes que rapportent les sources grecques n'a jamais eu lieu. En tout cas, il n'a certainement pas eu l'ampleur que lui prêtent ces textes, fortement influencés par la propagande antiperse. Bien au contraire, les intérêts des nouveaux maîtres du pays semblent avoir rencontré ceux d'une certaine tradition nationale qui se maintenait dans les classes les plus favorisées. C'est là une constante : deux siècles plus tard, Darius III Codoman puis, après lui, Alexandre et ses héritiers, trouveront toujours à leur disposition une élite sociale prête à assurer leur relais pour administrer le pays en maintenant la fiction d'une administration indigène dans une société aux apparences immuables. Un de ces fonctionnaires passés au service des Perses, Oudjahorresné, était l'exemple même du haut dignitaire cultivé. Prêtre de Saïs et médecin, il avait été officier de marine sous Psammétique III et Amasis. Il raconte, dans son autobiographie écrite sur une statue le représentant en naophore et conservée aujourd'hui au Vatican, comment il introduisit Cambyse dans la culture égyptienne afin de lui permettre de prendre, comme le feront désormais les maîtres de l'Égypte, l'aspect d'un pharaon :

Les Perses en effet n'appliquent pas à l'Égypte le régime de leur pays. Certes, la Vallée va devenir une satrapie dont Cambyse II confie le commandement à Aryandès en 522 avant d'aller lutter contre la révolte fomentée par le prétendant au trône Gaumata. Mais les rois de Suse vont régner sur l'Egypte en tant que pharaons, adoptant tous, à l'image de Cambyse II, une titulature complète et continuant l'œuvre de leurs « prédécesseurs » égyptiens.

Manifestement, Oudjahorresné plaide d'abord la cause de sa ville, Saïs, pour laquelle les nouveaux venus n'avaient pas tous les égards que méritait son vénérable sanctuaire :

Des travaux entrepris au Ouadi Hammamat par Cambyse II ainsi que dans d'autres temples d'Égypte confirment cette politique de respect des sanctuaires et des cultes nationaux. L'enterrement solennel d'un Apis en l'an 6 de Cambyse contredit également la tradition d'impiété que les sources postérieures prêtent au souverain achéménide. Si l'on en croit Hérodote, Ctésias et surtout le Roman de Cambyse ou la Chronique de Jean de Nikiou (Schwartz : 1948), qui sont nos principales sources sur la période, Cambyse se serait conduit avec la dernière des sauvageries, assassinant l'Apis à Memphis. Il aurait également procédé à des déportations massives d'opposants, etc. Ces textes ne font que transcrire le fonds de propagande nationaliste qui se développe moins sous la domination perse que plus tard : lorsque les Grecs, vainqueurs des Perses et nouveaux maîtres du pays, entretiennent soigneusement cette autre forme de damnatio memoriae de leurs anciens rivaux.

Cambyse II a tenté de s'emparer de la Nubie et des oasis. Ce fut en vain, et son expédition vers Siwa, peut-être à la recherche déjà de la confirmation de l'oracle d'Amon devant lequel Alexandre se présentera plus tard, fut catastrophique. Il y aurait perdu une armée entière, dont les archéologues croient de temps à autre retrouver la trace sous le sable du désert... Peut-être la mauvaise réputation de l'administration perse fut-elle due à la gestion du satrape Aryandès, qui dura de 522 à 517. Darius I^er, monté sur le trône en 522, dut se rendre en Égypte pour le destituer avant que le pays ne se révolte complètement. Il semble bien qu'Aryandès, qui menait sa propre politique, battant monnaie à sa propre effigie et prenant l'initiative de s'emparer de Cyrène lorsque les Libyens se révoltèrent contre leurs maîtres doriens, n'ait pas eu envers les coutumes égyptiennes les égards qu'avait son roi.

Darius I^er fait mettre à mort Aryandès et le remplace par Phérendatès. Il prend également des mesures propres à apaiser les esprits : il fait compléter le percement du canal de Nékao II entre la mer Rouge et la Méditerranée afin de pouvoir tirer un meilleur profit de l'Égypte, la plus riche de ses satrapies, et met en valeur les écoles de pensée égyptiennes, comme nous l'apprend Oudjahorresné, qui avait dû suivre le roi à Suse :

Il rétablit les domaines divins dans leurs prérogatives et fait construire le temple d'Hibis, dans l'oasis de Kharga. Il commande des travaux de restauration à Bousiris et Elkab et fait rouvrir les carrières du Ouadi Hammamat. On a même retrouvé à Suse l'une des statues qui y furent taillées. Il entreprend également une réforme administrative et juridique, avec la constitution d'un Code et la frappe de monnaie locale... Il laisse le souvenir du roi étranger le plus proche des préoccupations du pays, et l'on peut supposer que l'Égypte s'engageait sous son autorité vers une période de prospérité. Mais une fois encore, la politique extérieure transforme le destin de la Vallée. En 490, les Grecs défont les Perses à Marathon, contraignant Darius à concentrer son attention sur un autre front. Le Delta en profite pour se révolter en 486. Darius I^er meurt avant de pouvoir intervenir, et c'est Xerxès qui lui succède sur le trône d'Égypte. Il mate la révolte et met à la tête de la satrapie d'Égypte son propre frère, Achaiménès, qui durcit l'administration du pays dans des proportions telles que longtemps après, à l'époque ptolémaïque, le nom de Xerxès sera désigné dans les textes égyptiens avec un déterminatif normalement réservé aux ennemis vaincus. Mais les événements se précipitent. Achaiménès conduit en 480 pour le compte de son frère les deux cents vaisseaux égyptiens qui viennent renforcer la flotte perse contre les Grecs. La défaite de Xerxès à Salamine et son assassinat encouragent les Égyptiens à la révolte : ils passent aux actes sous le règne de son successeur, Artaxerxès I^er, qui monte sur le trône de Perse en 465.

Inaros entame alors la lutte que nous avons évoquée plus haut. C'est un dynaste libyen, fils du dernier Psammétique, qui regroupe les forces nationalistes éparses dans le Delta et se déclare roi. Le prince Amyrtée, descendant des rois saïtes, se range à ses côtés. A eux deux, ils se rendent maîtres de toute la Basse-Égypte jusqu'à Memphis. Athènes leur envoie une escadre pour les aider à affronter les Perses. La bataille a lieu à Papremis : Achaiménès y est tué et les insurgés marchent sur Memphis avec leurs alliés grecs. Après des combats à l'issue incertaine, les Perses l'emportent : les Grecs s'enfuient, et Inaros est fait prisonnier sur l'île de Prosopis. Il sera mis à mort en Perse en 454. Arsamès remplace Achaiménès à la tête de la satrapie. La Grèce et la Perse font la paix. Pendant une génération, le calme revient dans le pays, et c'est une Égypte en apparence sereine et prospère que visite Hérodote : Arsamès confirme les fils d'Inaros dans leurs pouvoirs et s'abstient de toute mesure susceptible de ranimer la révolte. Les fonctionnaires perses installés en Égypte adoptent de plus en plus le style de vie du pays, voire égyptianisent leurs noms.

Mais le feu qui couvait éclate après les troubles qui marquent la succession d'Artaxerxès à Suse. Lorsque Darius II prend le pouvoir en 424, il redonne vie à la politique de conciliation de Darius I^er en continuant, entre autres, la décoration du temple d'Hibis. Il reçoit dans le pays l'appui de la communauté juive d'Éléphantine, ce qui contribue à l'exaspération des courants « nationalistes » qui détruisent le temple de celle-ci en l'an 17 de son règne. Les Grecs, et tout particulièrement Sparte, encouragent le principal foyer de la rébellion qui se trouve à Saïs. Le petit-fils d'Amyrtée, qui porte le même nom que son grand-père, se révolte ouvertement en 404, après plus de six années d'opposition plus ou moins clandestine. Il se fait couronner pharaon l'année même de la mort de Darius II et fonde la XXVIII^e dynastie, dont il sera l'unique représentant. En moins de quatre ans, son pouvoir est reconnu jusqu'à Assouan, les derniers à le faire étant les membres de la communauté juive d'Éléphantine. Aucun monument ne lui a survécu, et l'on ne sait pratiquement rien de son règne, qui dure jusqu'en 398. La facilité avec laquelle sa révolte a abouti et la quasi-absence de réaction de Suse s'explique par la querelle de succession qui déchire les Perses à la mort de Darius II : c'est la lutte fratricide entre Artaxerxès et Cyrus II relatée par Xénophon. Il rapporte que, lorsque Cyrus fut vaincu, le chef de ses mercenaires grecs, Tamos, se réfugia en Égypte, où le pharaon (qu'il appelle à tort Psammétique) le fit mettre à mort. Peut-être cet acte, en apparence incompréhensible puisque les Égyptiens et les Grecs étaient des alliés naturels contre le Perse, était-il un gage de bonne volonté envers le nouveau roi de Suse qui, de son côté, n'avait pas alors les moyens de tenter une reconquête de l'Égypte et était prêt à accepter une prudente neutralité ?

Quoi qu'il en soit, Amyrtée II ouvre la dernière période d'indépendance nationale. Elle va durer moins d'un siècle, de 404 à 343, et verra deux dynasties succéder à la XXVIII^e : la XXIX^e, qui ne dure que vingt ans, et la XXX^e qui en dure tout juste le double. On ne sait pas grand-chose de la façon dont Néphéritès I^er succède à Amyrtée : il prend le pouvoir à l'automne 399. Sa carrière antérieure est totalement inconnue : c'était sans doute un militaire. Il était originaire de Mendès, ce qui fait qu'on lui attribue généralement des ancêtres libyens. On ne connaît pas les conditions exactes du changement de dynastie. Rien n'indique qu'il y ait eu des violences à travers le pays, bien qu'un document unique — un papyrus araméen conservé au Musée de Brooklyn — laisse entendre qu'il y aurait eu lutte ouverte entre le fondateur de la XXIX^e dynastie et son prédécesseur : Néphéritès aurait capturé Amyrtée et l'aurait fait mettre à mort à Memphis avant d'établir sa capitale dans sa ville natale. Ce choix de Mendès paraît d'autant plus vraisemblable que les fouilles récentes qui y sont menées conjointement par le Brooklyn Museum et l'Université de New York ont confirmé l'activité de constructeur de Néphéritès I^er sur ce site. On n'y a toutefois pas encore retrouvé la nécropole royale que l'on est en droit d'y attendre.

Il se fit peut-être couronner à Memphis ou à Saïs, comme plus tard Nectanébo I^er (Traunecker : 1979, 420), pour des raisons purement politiques. Il affirme en effet dans son protocole la même volonté qu'Amyrtée de mener une action nationale qui fait référence à celle des rois de la XXVI^e dynastie : il adopte le même nom d'Horus que Psammétique I^er. Son règne est plus court et moins glorieux que celui de son modèle : Manéthon lui accorde six ans, mais on ne connaît pas de document daté au-delà de sa quatrième année. Son activité est loin d'être négligeable. Il est bien attesté dans le Nord, à Tell Tmaï, Tell Roba, Tell el-Faraïn, Saqqara et Memphis, où un Apis est enterré en l'an 2 de son règne. On a retrouvé trace également du culte d'une de ses statues à Akhmîm, et l'on suppose qu'il est à l'origine, dans le temple d'Amon-Rê de Karnak, de la construction du magasin des offrandes situé au sud du Lac sacré et de la chapelle-reposoir dont Achôris terminera l'exécution en avant du I^er pylône (Traunecker : 1979, 423).

À sa mort, dans le courant de l'hiver 394-393, deux factions rivales se disputent le pouvoir. Dans un premier temps, le parti légitimiste l'emporte, si l'on en croit la Chronique démotique : le fils de Néphéritès, le Mouthis de la liste manéthonienne, règne quelques mois. Mais son autorité est contestée par Psammouthis, Pa-chéri-en-Mout, « Le fils de Mout », qui lui enlève le trône et se fait couronner sous le nom de Ouserrê, « Rê est puissant », « l'Élu de Ptah ». L'usurpateur, dont la Chronique fustige l'impiété, ne règne lui-même qu'un an, cédant la place à Achôris, qui fait « disparaître » son règne en l'incluant dans son propre comput, qu'il fait partir de la mort de Néphéritès I^er. Pour bref qu'il ait été, le règne de Psammouthis a laissé des traces, surtout à Karnak, où il poursuit l'œuvre de Néphéritès, contrairement à ce que l'on aurait pu attendre. Il est aussi présent à Akhmîm, mais n'y est pas l'objet, lui, d'un culte, ce qui laisserait supposer ou bien que la tradition le considérait effectivement comme un usurpateur, ou bien que son successeur est parvenu à gommer entièrement son règne.

Lorsqu'il prend le contrôle du pays, Achôris est animé, en effet, d'un grand souci d'affirmer sa légitimité, soulignant ses relations avec Néphéritès I^er à la fois sur les monuments et par le choix d'une titulature s'inscrivant dans le droit-fil de la politique dynastique. Son œuvre confirme largement ses intentions. Le nom même de son fils, qui lui succédera quelques mois au cours de l'été 380 avant de se faire détrôner par Nectanébo I^er, Néphéritès II laisse supposer en lui un petit-fils du fondateur de la dynastie... Mais peut-être ce trop grand zèle porte-t-il témoignage d'une origine moins assurée que ne l'affirme le nouveau pharaon en se donnant, comme autrefois Amenemhat I^er et Séthi I^er, le nom de ouhem-mesout, « Celui qui renouvelle les naissances » ? Nectanébo I^er à son tour le présentera comme un usurpateur, en se réclamant lui-même de Néphéritès I^er. Nous manquons de documents précis pour démêler avec certitude cette succession pour le moins difficile, et le plus prudent est encore de considérer Achôris et Nectanébo comme des collatéraux en rivalité pour la conquête du pouvoir (Traunecker : 1979, 432 sq.).

Quoi qu'il en soit, les quatorze années pendant lesquelles règne Achôris voient un certain renouveau national qui se manifeste par la reprise de grands travaux dans les temples : à Louxor et Karnak, où il mène à son terme le programme entrepris par Néphéritès I^er, Medinet Habou, Elkab, Tôd, Médamoud, Éléphantine, en Moyenne-Égypte, au Sérapeum, et aussi dans le temple d'Hibis à Kharga, etc. Un certain nombre de statues et objets à son nom, comparativement beaucoup plus nombreux que ceux laissés par ses prédécesseurs, confirment cette impression. Le fait que l'on en ait retrouvé jusqu'en Phénicie indique également une reprise sur le plan international...

On est toutefois loin de la « renaissance » saïte. Certes, les grandes carrières du pays reprennent de l'activité, le commerce est florissant, et l'Égypte est à nouveau présente au Proche-Orient. Elle n'a toutefois plus les moyens d'y jouer un rôle de premier plan. Elle se contente de participer, indirectement même, aux côtés des cités grecques à la lutte contre les Perses, dont la crainte fait l'unanimité en Méditerranée. Ceux-ci d'ailleurs refusent de considérer l'Égypte comme une puissance autonome, pour ne voir en elle qu'une satrapie rebelle. Ainsi, Néphéritès I^er avait-il déjà décidé de fournir en 396 à Sparte des vivres et du matériel au titre de l'effort de guerre contre l'ennemi commun. Malheureusement, l'envoi était tombé en 395 aux mains des Rhodiens qui étaient passés du côté des Perses, et, après cet envoi inutile, l'Égypte ne participa plus par la suite aux combats, même indirectement.

Le désengagement progressif de Sparte d'Asie Mineure après la bataille navale de Cnide en 394 et surtout la défaite de 391 ainsi que l'entrée en lice d'Athènes aux côtés de Chypre en 390/389 modifièrent ensuite le rapport de forces en Méditerranée. Pour l'Égypte, ce n'était qu'un changement de partenaires, plutôt favorable même dans la mesure où la révolte d'Evagoras de Chypre contre le Grand Roi fixait les troupes de celui-ci suffisamment loin des bords du Nil. Achôris passe donc un traité avec Athènes en 389 : il a ainsi les mains libres pour organiser ses forces. Ce répit dure jusqu'en 386, c'est-à-dire jusqu'à la paix d'Antalcidas, aux termes de laquelle les cités grecques renoncent à combattre Artaxerxès II, qui se voit ainsi soulagé du front européen. Le satrape Pharnabaze peut se tourner vers l'Égypte, dernier obstacle avec Chypre à l'hégémonie perse.

C'est Achôris qui supporte le choc des armées perses qui tentent pendant trois ans, de 385 à 383, de vaincre une Égypte beaucoup mieux organisée qu'elle n'était une génération plus tôt. Au lieu d'être divisées, ses forces sont regroupées sous une seule autorité. La flotte égyptienne est l'une des plus puissantes de son temps, et l'armée bénéficie de l'appui de troupes d'élite grecques, encouragées par le parti antiperse et commandées par le général athénien Chabrias qui fortifie durablement les abords de la branche pélusiaque du Nil. Non seulement les tentatives perses se soldent par un échec, mais les Égyptiens parviennent à reprendre pied au Proche-Orient pendant qu'Evagoras, de son côté, profitant de l'engagement perse contre l'Égypte, s'assure la maîtrise de la mer et pousse son avantage jusqu'à Tyr.

Les Perses décident alors de faire porter tous leurs efforts contre Chypre. Nous sommes en 381 : Tiribaze et Orontes affrontent Évagoras avec des troupes supérieures en nombre, mais sans grande réussite. Sur terre, Évagoras parvient à bloquer leur ravitaillement, réduisant l'armée perse à la famine et la poussant, par voie de conséquence, à la rébellion. Sur mer, il est moins chanceux. Il affronte la flotte perse au large de Kition : après un premier succès, il doit battre en retraite jusqu'à Salamine, en ayant perdu la plus grande partie de ses forces. Orontes l'y poursuit et fait le blocus de la ville. Évagoras parvient à s'échapper pour aller demander du secours à la Cour d'Egypte. Mais Achôris, qui avait déjà fourni un renfort conséquent en navires, troupes et approvisionnement, juge la cause d'Évagoras perdue : Évagoras regagne Salamine avec pour seule aide une somme dérisoire. Il ne lui reste qu'à négocier avec le vainqueur. Il profite des dissensions entre Orontes et Tiribaze pour obtenir une paix sans soumission qui met fin à dix années de guerre.

Nous sommes à l'été 380. Cette fois-ci, les Perses peuvent réellement envisager de remettre la main sur l'Égypte : ils ont obtenu des cités grecques et du front de l'Ouest tout ce qu'ils pouvaient espérer, et la mort d'Achôris rend la circonstance encore plus favorable. Sa succession est en effet difficile : comme nous l'avons vu, son fils Néphéritès II est rapidement détrôné par Nectanébo fils de Tachos, le dynaste de Sébennytos, l'actuelle Samannoud, qui s'était proclamé roi quelques mois auparavant. Cette crise, pour brève qu'elle ait été, Nectanébo I^er s'étant assuré définitivement le contrôle du pays tout entier au mois de novembre 380, ajoutée à l'isolement politique de Pharaon, pouvait provoquer une faille dans la défense égyptienne. Restait un ultime danger : le général Chabrias, désormais présent aux côtés de Nectanébo qu'il avait aidé à consolider son pouvoir. Non seulement Suse obtient son rappel par Athènes au cours de l'hiver 380/379, mais le gouvernement athénien envoie au Grand Roi l'un de ses plus brillants stratèges, Iphicrate, pour commander les auxiliaires grecs de l'armée qu'il met sur pied pour marcher contre l'Égypte. Ces préparatifs, à nouveau retardés par des dissensions dans le haut commandement entre Grecs et Perses et entre les Perses eux-mêmes, prennent six ans, et ce n'est qu'au printemps de 373 que les forces du Grand Roi quittent le nord de la Palestine, par voie de terre le long de la côte et par mer.

La flotte, c'est-à-dire essentiellement le contingent grec, arrive la première et renonce à pénétrer en Égypte par la branche pélusiaque du Nil, dont Nectanébo avait eu le temps de renforcer les défenses naturelles et artificielles par une série de fortifications et de pièges. Iphicrate et Pharnabaze choisissent de tenter leur chance par la branche mendésienne, moins bien défendue. L'idée était bonne, et après de brefs combats, la route de Memphis s'ouvre devant eux. C'est la méfiance réciproque entre Grecs et Perses qui sauve les Égyptiens d'une défaite qui semblait assurée. Iphicrate voudrait pousser son avantage et marcher tout de suite sur Memphis qu'il sait mal défendue. Pharnabaze craint que les Grecs n'en profitent pour s'emparer pour leur propre compte de l'Égypte et impose d'attendre le gros des forces perses. Ce délai permet au pharaon de rameuter ses troupes et de courir sus à l'envahisseur : une meilleure connaissance des lieux et l'aide opportune du fleuve dont la crue — nous sommes à la fin du mois de juillet — transforme le Delta en marécage consomment la défaite des armées du Grand Roi.

L'Égypte vient d'échapper à une nouvelle invasion et de s'assurer une paix relativement durable, puisque les Perses ne reviendront que trente ans plus tard, en 343. En même temps, la défaite de Pharnabaze consacre la rupture avec Iphicrate qui, craignant des représailles, s'en retourne à Athènes où il est nommé stratège de la flotte en 373... au grand dam de ses anciens alliés. Jusqu'en 366, l'Égypte reste isolée face à la Perse : les cités grecques ont les mains liées par le Grand Roi, et tout devrait concourir à une nouvelle tentative d'invasion de la vallée du Nil. Mais l'empire achéménide souffre de sa trop grande taille, et le système des satrapies accentue les courants centrifuges qui le traversent. Artaxerxès II vieillissant laisse les liens qui relient Suse aux provinces se relâcher : la Cappadoce, puis la Carie et les marches de l'empire tendent à une quasi-autonomie dans les années 370. C'est encore la Cappadoce qui entre la première en rébellion ouverte vers 368, entraînant à sa suite la Phrygie, que suivent à leur tour Sparte et Athènes. Bientôt toute la partie occidentale de l'empire, de l'Arménie à la Phénicie, est sur le point de se désagréger. En moins de cinq ans, la Grande Révolte des Satrapes atteint son apogée. Mais il est encore trop tôt pour que l'empire s'effondre, et l'unité se refera tant bien que mal. L'Égypte profite de ce répit, prend langue avec les satrapes révoltés et finance certains d'entre eux après avoir renoué depuis 366 avec Sparte et Athènes.

Depuis 365, Nectanébo I^er a associé au trône son fils Tachos (Teos). C'est lui qui, chargé de la politique extérieure, prend une part active à la révolte contre le Grand Roi, d'abord au nom de son père, puis pour son propre compte lorsqu'il règne seul, de 363/362 à 362/ 361. Il entreprend même de conquérir la Syro-Palestine avec l'aide de deux vétérans des guerres médiques : Agésilas, le vieux roi de Sparte qui, malgré ses quatre-vingts ans, prend le chemin de l'Égypte à la fin de 362 à la tête d'un contingent de mille hoplites, et l'inusable Chabrias qui dirige la flotte. Un pareil effort militaire, impensable une génération plus tôt, était redevenu possible grâce à la gestion de Nectanébo I^er : il était parvenu à rendre à son pays un lustre qui se voulait, encore une fois, à l'image de celui de l'époque saïte. On en trouve la trace dans la production artistique et littéraire de l'époque, abondante et de qualité. Le pharaon lui-même a fait faire de nouvelles constructions, des restaurations ou des embellissements dans presque tous les temples d'Égypte. C'est lui, en particulier, qui a entrepris la restauration des enceintes des temples de Karnak et l'édification du premier pylône du temple d'Amon. Il fonde également le premier état du temple d'Isis de Philae, fait exécuter des travaux à Elkab, Hermopolis, Memphis, dans le Delta : à Saft el-Henneh et Tanis. Il ne limite pas sa politique religieuse aux constructions, mais accorde encore exemptions fiscales et bénéfices, entre autres, au temple d'Edfou et à celui de Neïth de Saïs...

Tachos commence donc les préparatifs de guerre au début de 361 : il forme ses propres troupes de Makimoi et prend de lourdes mesures fiscales pour faire rentrer dans ses caisses de quoi battre monnaie afin de payer les mercenaires grecs. Cette dernière mesure lui vaut une impopularité que ses rivaux vont très vite exploiter. En 360, l'armée égyptienne se dirige par voie de terre et de mer le long de la côte vers la Phénicie. Tachos en a pris le commandement, laissant la régence du pays à son frère Tjahépimou, dont le fils, le futur Nectanébo II, l'accompagne à la tête des Makimoi. La campagne tournait au succès lorsque le régent, profitant du mécontentement général du pays contre Tachos, fait proclamer roi son fils Nectanébo. L'armée passe tout de suite aux côtés de son jeune chef auquel Agésilas, après en avoir référé à Sparte, prête main forte. Tachos s'enfuit... auprès du Grand Roi, et Chabrias rentre à Athènes. Le prince de Mendès seul s'oppose à l'usurpateur, peut-être au nom des intérêts de la XXIX^e dynastie, dont il doit être un descendant. Toujours est-il qu'il contraint Nectanébo à abandonner ce qui sera la dernière tentative de conquête d'un pharaon égyptien au Proche-Orient pour rentrer en Égypte afin de faire face à cette rébellion qui met en péril son autorité. Grâce aux talents militaires d'Agésilas, il l'emporte sur son rival à l'automne 360. Le vieux roi de Sparte, ayant réuni les fonds dont avait besoin sa cité, quitte le pays, laissant Nectanébo seul maître de l'Égypte.

Son règne dure dix-huit ans, au cours desquels il multiplie plus encore que Nectanébo I^er constructions et restaurations de temples, poursuivant ainsi la surenchère de ses prédécesseurs auprès des clergés nationaux qui sont, plus encore que par le passé, les vrais bénéficiaires d'un système dans lequel ils représentent les seules valeurs indigènes face aux étrangers, de plus en plus nombreux, qui font la politique du pays. Il inaugure son règne en ensevelissant l'Apis à Memphis. C'est aussi sous son impulsion qu'une autre hypostase animale connaît une popularité accrue : le taureau Bouchis dont le culte dépasse la ville d'Ermant. Il favorise, comme Nectanébo I^er, l'ensemble des cultes, et l'on possède plus de cent témoignages de son activité, qui touche l'ensemble des temples d'Égypte.

La situation intérieure de l'empire perse évolue rapidement à partir de la prise de pouvoir de Nectanébo II. Juste avant la mort d'Artaxerxès II, c'est-à-dire dans les premiers mois de 359, Ochos, le futur Artaxerxès III, organise une expédition pour reprendre en main la Syro-Palestine sur les traces encore chaudes des Egyptiens. Peut-être avait-il l'intention de poursuivre sa campagne jusqu'en Égypte ? Il n'en a, en tout cas, pas le temps ; la mort du Grand Roi le rappelle dans la capitale. Ensuite, la mise en ordre de l'empire, puis les troubles survenus à nouveau dans les provinces d'Asie Mineure le retiennent jusqu'en 352. Il est alors presque arrivé à reconstituer l'ancienne puissance perse. Malgré l'influence montante de la Macédoine, il a repris le contrôle de l'Asie Mineure, et il ne manque à l'empire que de reconquérir l'Égypte, que ne protège plus aucune alliance. Il s'y emploie au cours de l'hiver 351/350 en prenant personnellement la tête d'une armée d'invasion. C'est un échec.

Cette défaite a des conséquences qui dépassent de loin le plan militaire. Les cités grecques, et surtout la Macédoine, en tirent argument pour pousser à l'union sacrée contre le Grand Roi qui vient de montrer qu'il est bien loin d'être invincible. Le premier craquement a lieu en Phénicie : Sidon se révolte, s'arme et s'allie à l'Égypte. Le mouvement gagne Chypre ; la Cilicie vacille ; les Juifs songent à la révolte... Sans doute l'Égypte aurait-elle pu prendre la tête d'une fédération regroupant les provinces révoltées, mais Nectanébo II se contente de fournir 4000 mercenaires grecs à Sidon lorsque Artaxerxès lance, en 346, ses troupes de Syrie et de Cilicie contre la cité. C'est la seule victoire des révoltés. Chypre se soumet en 344, à l'exception de Salamine où Pnytagoras est assiégé, et Artaxerxès III recrute à son tour à partir de la même année des mercenaires dans les cités grecques pour les envoyer contre l'Égypte. Il marche sans coup férir sur Sidon, dont la population, fortement armée et prête au combat, est trahie... par son propre roi, Tennes, qui livre à Artaxerxès III les principaux dirigeants de la ville avant d'être à son tour exécuté. Préparés à une résistance héroïque, les citoyens, qui n'avaient pas hésité à mettre le feu à leur flotte pour s'interdire toute fuite, choisissent de périr dans l'incendie de leurs propres maisons. La destruction et le pillage de Sidon — qui firent plus de quarante mille morts ! — incitèrent les autres cités phéniciennes à se soumettre. Même Pnytagoras se rend en 343. Artaxerxès peut marcher sur l'Égypte à l'automne, à la tête d'une armée dont le commandement est assuré par les meilleurs stratèges du moment, parmi lesquels Bagoas et Mentor de Rhodes.

Nectanébo II s'était, de son côté, préparé à résister en s'aidant des installations défensives de la branche pélusiaque du Nil, avec des forces relativement modestes : environ 100 000 hommes, dont 40 000 étaient des mercenaires, à parts égales grecs et libyens. Mais les Perses connaissaient le détail des fortifications par les vétérans grecs de 350, et la saison avait été mieux choisie qu'en 373 : le Nil ne viendrait pas au secours des Égyptiens. L'armée perse, divisée en plusieurs corps, prend tout à la fois Péluse et s'avance dans le Delta, transformant en guides les paysans qu'elle fait prisonniers. Nectanébo II, qui est loin de posséder le génie militaire des généraux grecs auxquels il eût été mieux inspiré de laisser le commandement des opérations, doit se replier sur Memphis. Les Perses, profitant des dissensions que la défaite ne manque pas de faire éclater entre garnisons grecques et égyptiennes, prennent possession de Bubastis, dont la capitulation est suivie par celle des autres places fortes. Dans Memphis, Nectanébo II voit sa cause perdue et décide de s'enfuir vers le Sud, hors de portée du vainqueur. Il réussit manifestement à lui échapper, au moins pendant deux ans tout en conservant une certaine autorité, puisqu'un document est encore daté de l'an 18 de son règne à Edfou. On pense généralement qu'il a trouvé refuge auprès de l'un des princes de Basse-Nubie contemporains du souverain de Napata Nastesen. Sur une stèle de ce roi conservée aujourd'hui au Musée de Berlin, en effet, on a voulu lire le nom de Khababash, pharaon éphémère qui aurait pris la succession de Nectanébo de 338 à 336. On ne sait pas grand-chose de ce pharaon dont le pouvoir s'est peut-être limité à l'éponymie : au moins pour le décès d'un Apis à Memphis survenu dans sa seconde année de règne, peut-être pour quelques actes juridiques. S'il ne fait qu'un avec le Kambasouten avec lequel Nastesen a eu maille à partir, il s'agit d'un prince de Basse-Nubie qui aurait pris à son compte les intérêts de Nectanébo II, éventuellement après la mort de celui-ci, puisqu'il se proclame pharaon à son tour. La tradition ptolémaïque lui prête une action antiperse dans le Delta, qui aurait duré jusque vers l'hiver 336/ 335.

Les documents assurés manquent pour être affirmatif. Tout ce que l'on peut dire, c'est que la défaite et la fuite de Nectanébo II marquent la fin de l'indépendance égyptienne. Qu'une opposition nationale ait pu se maintenir jusque vers 336/335 ne change rien à l'affaire. Le vainqueur fait raser les fortifications des principales villes et pille les temples, contraignant les prêtres à racheter au prix fort les instruments du culte... Il est probable qu'il ne commit pas les exactions que lui prête la tradition grecque et qui paraissent trop fabriquées sur le modèle de celles attribuées à Cambyse : meurtre des taureaux Apis et Mnévis, du Bouc de Mendès, etc. Il se contenta d'installer comme satrape un Phérendatès, homonyme de celui mis en place jadis par Darius I^er, et de regagner sa capitale, d'où rayonnait à nouveau la puissance incontestée des Achéménides. L'Égypte n'aura désormais plus de volonté propre, et son sort suivra celui de l'empire.

L'hégémonie perse, que l'on pouvait croire installée à nouveau pour longtemps, ne dure même pas dix années. Bagoas fait empoisonner Artaxerxès avec presque toute sa famille au cours de l'été 338 et proclamer le jeune Arsès à sa place. Quelques semaines plus tard, Philippe II de Macédoine remporte la bataille de Chéronée, regroupant autour de lui toutes les forces grecques. L'empire connaît alors un certain flottement, jusqu'en 336/335 : c'est à ce moment qu'a dû se situer la révolte de Khababash. Au cours de l'été 336, Arsès subit le même sort que son prédécesseur et Darius III Codoman prend le pouvoir. Il règne en tant que pharaon sur l'Égypte pendant les deux années qui restent à vivre à l'empire achéménide. Au printemps de 334, Alexandre franchit l'Hellespont. Il vainc les satrapes au mois de mai, puis Darius lui-même à Issos à l'automne. À l'automne de l'année suivante, le satrape Mazakes, qui avait su sauver le pays des entreprises d'Amyntas, remet à Alexandre l'Égypte sans combat. L'oracle d'Amon reconnaît en lui le nouveau Maître de l'Univers.